1991թ. մարտին տեղի ունեցավ արհմիության հաշվետու-ընտրական համագումարը, և Հայաստանի պետհիմնարկների աշխատողների հանրապետական խորհուրդը, լինելով Պետական հիմնարկների և հասարակական սպասարկման աշխատողների արհմիության միջազգային ֆեդերացիայի անդամ, վերջինիսանվանմանը համապատասխանեցնելու նպատակով վերանվանվեց Հայաստանի պետական հիմնարկների և հասարակական սպասարկման աշխատողների հանրապետական խորհուրդ:
1991թ. սեպտեմբերի 21-ին Հայաստանը հռչակվեցանկախ հանրապետություն: Արհմիությունների 18-րդ համագումարը (1992թ.), որին մասնակցում էր335 պատվիրակ, հատկապեսընդգծեց, որ դեմոկրատականցենտրալիզմիսկզբունքը, ինչպես նաև կառավարավարչական մեթոդները, այլևս չեն համապատասխանում փոփոխված պայմաններին, նոր արտադրահարաբերություններին ևժողովրդավարության զարգացմանը: Այդ պատճառով էլ նույն համագումարում արհմիությունների 24 ճյուղային հանրապետական միությունները ստորագրեցին hռչակագիր` Հայաստանի արհմիությունների կոնֆեդերացիա(այսուհետև ՀԱՄԿ) ստեղծելու մասին:
1991թ. Լեռնային Ղարաբաղում սկսվեց Ադրբեջանի կողմից պարտադրված պատերազմը, արցախահայերը հայտնվեցին անելանելի ծանր իրավիճակում: Հայաստանի արհմիություններնօգնության ձեռք մեկնեցին արցախահայերին. ճյուղային արհմիությունըաշխատակազմի աշխատակիցների միջոցով ուղարկեց ինչ կարող էր` գումար, հագուստ, մթերք:
Պատերազմի արդյունքում Հայաստանը շրջափակման մեջ հայտնվեց, փակվեց երկաթուղային ճանապարհը, անհնարին դարձավ ապրանքների ներմուծումը և արտահանումը, կազմալուծվեց արտադրությունը, հանրությունը զրկվեց աշխատանքից, անասելի դժվարություններ ստեղծվեցին էներգամատակարարման, պարենային մատակարարման և ապահովման հարցերում: Ռուսաստանից, Միացյալ Նահանգներից օդային ճանապարով օգնության կարգով սննդամթերք էր գալիս Հայաստան, որը բնակչությանը հասանելի էր դառնում կտրոններով, երկար հերթերում կանգնելուց հետո: Քարտով էին գնում նաև հացը…
Իրավիճակը նույնն էր, ինչ Հայրենական Մեծ Պատերազմի տարիներին, դրանից բխող բոլոր հետևանքներով: Պատերազմը տևեց մինչ 1994թ.-ը: 1994թ. մայիսի 12-ին ԵԱՀԿ Մինսկի խմբի և Ռուսաստանի միջնորդությամբ, Հայաստանը, Ադրբեջանը և Լեռնային Ղարաբաղը կնքեցին արցախյան հակամարտության հաշտեցման համաձայնագիր: Այդ տարիները հայ ժողովրդի համար դժվարին փորձության տարիներ էին. սով, ցուրտ, տնտեսության քայքայում, արտադրության ծավալների կտրուկ նվազում, աշխատատեղերի կրճատում, գործազրկություն, որի հետևանքով նաև զգալիորեննվազեց անդամ կազմակերպությունների և արհմիության անդամների թվաքանակը:
1992-ին սոցիալական ապահովագրության միջոցների զգալի մասը արհմիությունից անցավ պետության կառավարմանը, որի հետևանքով արհմիության աշխատակազմում կրճատվեցին հավատարմատար բժշկի, սոցապ հրահանգչի, նաև այն հաստիքային պաշտոնները, որոնց ֆինանսավորման աղբյուրը պետական միջոցներն էին:Քանի որ աշխատանքի պաշտպանությունը արհմիության գործունեության հիմնական ուղղություններից է, ապա աշխատանքի տեխնիկական տեսուչի` նախկինում պետհիմնարկների աշխատողների արհմիության Կենտրոնական Կոմիտեի միջոցներից ֆինանսավորվող հաստիքը պահպանվեց Հանրապետական Խորհրդի միջոցների հաշվին: Արհմիությանը պատկանող պետական սոցիալական ապահովագրության չնչին միջոցներն ուղղված էին հանգստյան տներում ու առողջարաններում արհմիության անդամների հանգստի և բուժման կազմակերպմանը:
1999թ. այդ միջոցներն արդեն ամբողջությամբ անցան սոցիալական ապահովագրության պետական հիմնադրամին, որի հետևանքով հազարավոր արհմիության անդամներ զրկվեցին զեղջ գներով հանգստյան տների և առողջարանների ուղեգրեր ձեռք բերելու հնարավորությունից, որը հանգեցրեց արհմիության անդամների նոր արտահոսքին: Իրավիճակը զգալիորեն բարդացավ. աշխատողը, որի բարեկեցության համար տարիներ շարունակ հոգացել էր արհմիությունը, առկա շուկայական հարաբերություններում տարակուսեց` ինչ է փոխհատուցելու արհմիությունն իր աշխատավարձից պահված անդամավճարի դիմաց: Նման մտածելակերպը հանգեցրեց արհմիությունից մասսայականորեն դուրս գալու գործընթացին: Հարկ է նշել, որ այդ ժամանակահատվածում պետհիմնարկների և հասարակական սպասարկման աշխատողների հանրապետական խորհուրդը կորցրեց շուրջ50000 արհմիության անդամ:
Հանրապետական խորհրդի աշխատակազմի 13 աշխատակիցներից կրճատման հետևանքով 2000թ. մնացել են 5-ը: «Հասարակական կազմակերպությունների մասին» ՀՀ օրենքին համապատասխան (ընդունված 22.10.1996թ.)` Հայաստանի պետհիմնարկների և հասարակական սպասարկման աշխատողների հանրապետական խորհուրդը 2000թ. մարտի 2-ի արտահերթ համագումարում վերանվանվեց և պետական ռեգիստրում գրանցվեց որպես «Հայաստանի պետհիմարկների և հասարակական սպասարկման աշխատողների արհմիության հանրապետական խորհուրդ» հասարակական կազմակերպություն:
2000թ. դեկտեմբերի 5-ին ընդունվեց “Արհեստակցական միությունների մասին” ՀՀ օրենքը: Մինչև օրենքի ընդունումը բոլոր ճյուղային արհմիությունները հնարավորություն ունեցան առաջարկություններ ներկայացնել, որոնցից շատերը հաշվի են առնվել օրենքն ընդունելիս: Այդ պահից արհմիությունների առջև դրված խնդիրները արմատապես փոխվեցին: Անհրաժեշտ էր որոնել նոր ուղիներ արհմիության մոտիվացիայի համար:
2001թ. նոյեմբերին կյանքից հեռացավ հանրապետական խորհրդի նախագահ Մ. Կնյազչյանը: